カスタマイズ型システム開発における代金の請求

業務パッケージをカスタマイズするやり方でシステム開発を請け負った。実際に、このソフトを利用する社員からの意見の吸い上げが十分でなかったことから、使い勝手が悪いなどと言われて、検収をしてもらえない。どうように対応したらよいか。